接下来，徐晋又与泉州府一众官绅寒暄了几句便率众入城，第二日一早，舰队再次启航，不过却不是继续南下，而是横渡海峡前往台湾岛。
在此值得一提的是，秦汉时期的台湾被称为瀛州，三国时期被称作夷州，隋唐时期又变成了琉球，等到明朝，台湾又被称作东番、鸡笼山、笨港等等，总之，台湾的名称是明末清初才有的。
由于大明实行海禁政策，对于台湾并不重视，所以目前的台湾还是一片蛮荒之地，岛上只有区区数万本地的土著居住，大明沿海的海盗倭贼便乘机跑到这里筑巢，于是台湾便成了不折不扣的土匪窝。直到后来的天启年间，台湾才被荷兰人侵占，并且一占就是几十年，直到明末时期才被郑成功收复。
正所谓搂草打兔子，徐晋既然来了，自然不会再放任台湾处于三不管状态，以至于便宜了后来的荷兰人，所以便趁势率领舰队走一趟台湾。
此时的台湾岛上盘踞了大小十几伙海盗，不过徐晋大军一到，这些蛇虫鼠蚁立马便四散逃命了，动作慢的要么投降，要么被斩杀。
短短两天时间，台湾岛上所有的贼人全部被肃清，而本地的高山族土著也在头人的率领下，战战兢兢地跪倒在徐晋面前表示自此臣服大明。
于是，徐晋便上奏请求在台湾设立澎湖巡检司，并任命当地的土著首领为东番知事，将台湾作为一府并入福建省治下，自此名正言顺地把台湾纳入大明的版图。
待一切安排定当，三天后，徐晋留下一支千人的军队暂时驻守在台湾鸡笼码头，然后便继续率领舰队主力南下广东广州府，下一步便要跟西洋人好好算一笔总账了。
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